К концу октября 2010 года сквозная регистрация транзитных пассажиров и багажа будет внедрена во всех российских представительствах Аэрофлота. Ранее сквозная регистрация стала доступна пассажирам, следующим за рубеж из Омска, Красноярска и Барнаула через аэропорт Шереметьево.
Благодаря внедрению сквозной регистрации пассажиры вначале путешествия из пунктов России в пункты ближнего и дальнего зарубежья могут зарегистрироваться на рейс и оформить багаж сразу до конечного пункта назначения. Таким образом, по прилету в Терминал D аэропорта Шереметьево пассажирам не потребуется дополнительно регистрироваться на стыковочный рейс, получать и повторно сдавать багаж для переоформления. Багаж принимается к таможенному оформлению и доставляется к самолету без участия пассажира.
Сквозную регистрацию в Аэрофлоте начали применять с апреля 2006 года на международных рейсах. На сегодняшний день сквозная регистрация внедрена практически во всех зарубежных представительствах.